危害分析是HACCP计划最重要的一环。按食品生产的流程图，食品安全小组要列出各工艺步骤可能发生的所有危害及其控制措施，包括有些实际可能发生的事件，如突然停电而延迟加工，半成品临时贮存等。危害包括生物性（微生物、昆虫及人为的）、化学性（农药、毒素、化学污染物、药物残留、添加剂等）和物理性（杂质、软硬度）的危害。在生产过程中，危害可能来源于原辅料的、加工工艺的、设备的、包装贮运中的、人为的等方面。在危害中尤其不能允许致病菌的存在与增殖及不可接受的毒素和化学物质的产生。因而危害分析强调要对危害出现的可能、分类、程度进行定性与定量评估。
对食品生产过程中每一个危害都要有对应的、有效的预防措施。这些措施和办法可以排除和减少危害出现，使其达到可接受水平。对于微生物引起的危害，一般是采用：原辅料、半成品的无害化生产，并加以清洗、消毒、冷藏、快速干制、气调等；加工过程采用调pH与控制水分活度Aw；实行热力、冻结、发酵；添加抑菌剂、防腐剂、抗氧化剂处理；防止人流、物流交叉污染等；重视设备清洗及安全使用；强调操作人员的身体健康、个人卫生和安全生产意识；包装物要达到食品安全要求；贮存过程防止损坏和二次污染。对昆虫、寄生虫等可采用加热、冷冻、辐射、人工剔除、气体调节等。如是化学污染引起，应严格控制产品原辅料的卫生，防止重金属污染和农药残留，不添加人工合成色素与有害添加剂，防止贮藏过程有毒化学成分的产生。如是物理因素引起的危害，可采用提供质量保证书、原料严格检测、遮光、去杂、加抗氧让剂等办法解决。
