危害分析（hazard analysis,HA）与预防控制措施是HACCP原理的基础，也是建立HACCP计划的第一步。企业应根据所掌握的食品中存在的危害以及控制方法，结合工艺特点，进行详细的分析，并找出潜在的危害。
危害是：食品中所含有的对健康有潜在不良影响的生物、生化或物理的因素或食品存在状况。
危害分析一般由企业成立的食品安全小组来完成。危害分析一般分为两个阶段，即危害识别和危害评估。
一、危害识别
危害识别有两个基本的要素。第一是鉴别可损害消费者的有害物质或引起产品腐败的致病菌或任何病原；第二是详细了解这些危害是如何得以产生的。
在进行危害分析时，首先应对照工艺流程从原料到成品完成的每个环节进行危害识别，列出所有可能的潜在危害。进行危害识别时，主要从微生物危害、化学危害、物理危害三方面的考虑。
二、危害评估
在确定危害后，就可进入危害评估阶段。并是不是所有识别的潜在危害都必须放在HACCP计划中来控制，但是一个危害如果同时具备下列两个特征，则该危害被确定为显著危害，显著危害必须被控制。显著危害必须具备的两个特性是：1、有可能发生（发生的可能性）；2、一旦控制不当，可能给消费者带来不可接受的健康风险（严重性）。在危害分析期间，要把对食品安全的关注同对食品的品质、规格、数（重）量、包装和其他卫生方面有关的质量问题的关注分开，应根据各种危害发生的可能风险（可能性和严重性）来确定某种危害的显著性。通常根据工作经验、流行病学数据、客户投诉及技术资料的信息来评估危害发生的可能性，用政府部门、权威研究机构向社会公布的风险分析资料，信息来判断危害的严重性。
加工过程的危害评估程序应在提出了产品的加工说明，确定产品制备需要的原材料种类和成分，准备了产品生产过程工艺图之后进行。应该注意的是，进行危害分析时必须考虑加工企业无法控制的各种因素。同样的物体（或异物），根据消费群体的不同以及食用方式的不同，有时可能是危害，有时可能不是危害。如低龄儿童食用果冻窒息死亡时间；使用吸管饮用热饮烫伤事件等，伤害就会立即发生。
如果可能性和严重性缺少一项，则不要列为显著危害。不要试图控制太多点，否则能抓住重点，失去了实施HACCP计划的意义。
三、控制措施
控制措施也被称为预防措施，是用以防止或消除食品安全危害或降低到可接受的水平，所采取的任何行动和活动。在实际生产中，可以采取许多措施来控制食品安全危害。有时一种显著危害需要同时几种方法来控制，有时一种控制方法可同时控制几种不同的危害。
