1、内部审核的主要动力来自管理者
没有管理者的支持就难以开展，也不会取得应有的效果。内部审核应是一种自觉的持续的内部管理行为，而不是一项被动的应付性的活动。
2、内部审核的重点是推动持续改进
每次内部审核应致力于发现问题和改进，这是衡量内部审核有效性的标志之一；而外部审核的重点是进行评价，并据此作为认证注册或选择、控制供方的依据。
3、内部审核的人员来自于组织内部
内部审核是以自己的组织名义由内部审核员进行的，第三方或第二方审核是以审核机构或顾客名义进行的。第三方审核人员必须是国家认可的具有资格的人员，第二方审核通常是内部人员。
4、内部审核程序通常比第三方审核简单
由于内部审核员都比较熟悉自己组织的情况，因此在审核是可简化某些程序，如文件审查、首次会议等；但在某些方面又有所加强，如就纠正措施、跟踪审核等。
5、内部审核的规范要求比第三方审核低
内部审核也是一项规范化活动，如要求有计划，审核员应具备资格，审核结果应形成报告等。但其规范化程度与第三方审核比则要低些。
6、内部审核对纠正措施的跟踪控制比较及时有效
对纠正措施的事实过程及结果的跟踪控制，内部审核能做到及时，并将有效部分纳入文件，因而也较有效；外部审核的跟踪控制只能定期进行，且只对纠正结果进行评价。
7、内部审核更有利提高管理体系运作效果
8、内部审核是管理者介入三大管理体系的重要工具
9、内部审核比第三方审核扩展性强
根据最高管理者要求，内部审核可以从整合管理体系审核扩展到所有经营管理领域进行审核，使内部审核变为管理审核。
