ISO14001环境管理体系内部审核和管理评审一样是建立、保持环境管理体系中最重要的工具。内部环境管理体系审核的主要特点为：
1、计划性
相对于外部环境管理体系审核这种短期审核而言，内部环境管理体系审核是通过制定月计划或年度计划来进行的(当然，这并不意味着不能在较短时间内完成)。
2、突出重点
外部环境管理体系审核是在短时间内审核整个体系。与此不同，内部环境管理体系审核可以花较长时间对某一领域进行细致审核，即可以突出重点。
3、内部人才的灵活使用
内部审核员为实施内部审核，需要熟悉活动、组织、体制和人。内审员作为组织内部成员，对环境因素了解较多、较深，对有关领域的专门知识掌握较好，可以有效地在内部审核中利用其经验但是，下列两点也应注意：
a) 来自内部的压力
内部环境管理体系审核员比受审核者在公司内地位低的情况下(如科长审核部长时)，受审核者一旦被发现不符合，可能会对内部审核的结果施加影响和压力，因为受审核者担心本部门不符合项多的话，会降低公司对自己的评价。
事实上，由于内部环境管理体系审核的目的就是找出不符合以改进环境管理体系，因此，所发现的不符合项越多越好。有些组织将不符合的多少直接和经济利益联系在一起，这样会影响内部审核的效果和公正性，从原则上讲是不能提倡的。
b) 缺乏客观性
由于内部环境管理体系审核员非常了解内部人员，可能因此会丧失客观性。对此，内部审核时必须注意，并强调发现的不符合项越多越好，不允许非客观性的存在。
