1.审核员综合能力不够
管理体系内审员都来自企业并经过相应的管理体系知识和审核技能的培训，对企业的内部情况比较了解。但由于受到各种因素的限制：工作时间、文化水平、专业背景、具体岗位和性格、情绪、责任心等方面的差异，以及对管理体系知识的掌握、沟通技能方面的问题，在审核中会存在专业知识不足，审核覆盖面不广、检查点代表性不强，证据不充分，沟通技能欠缺等，导致审核结果与实际状况存在偏差。
2.审核受到内部干扰
内审员来自企业内部不同部门和岗位，一般以部门专责、班组长为骨干，在开展审核时，难免会因平时各种因素干扰，有的下级面对上级的，存在为难甚至畏惧情绪，不能按照相关管理文件要求进行严格审核；面对不同意见也不敢坚持自己的看法，也不能坚持原则。
3.内部审核员责权利不一致
内部审核员在审核工作中面临技术要求和公正性的考验，要高质高效完成审核任务，需要投入大量的时间和精力学习，还要承受较大的心里压力。
4.对审核结果不够重视
由于企业对于审核结果没有相应的有效惩罚制度，对于审核结论也避重就轻。有的内审员怕得罪同事或者领导，在体系运行多年居然没有开出一个严重不符合项，有的企业在定期内部审核中不符合项越来越少且同质化、重复化。
